Alle vissen in NAVIGO-museum zijn Noordzeevissen, die overleven uiteraard niet in gewoon kraantjeswater. Aan het Strandbad van Oostduinkerke werd een speciale installatie aangelegd, zodat het NAVIGO-museum steeds kan beschikken over vers zeewater. Een leiding loopt er 479 meter ver de zee in, tot voorbij de laagwaterlijn. Zo kan de aquariumtechnicus er zeewater komen tappen. Je zag hem misschien al rijden, in de tractor met een tank van 5.000 liter achter zich. Maandelijks is er zo’n 20.000 liter water nodig, daarvoor rijdt hij dan 4 keer op en af.

Aan het museum, ter hoogte van de Vrijheidstraat, wordt het water bewaard in een ondergrondse opslagtank. Wekelijks wordt een deel van het water in de aquaria afgelaten en vervangen door 5.000 liter vers zeewater. Het water in de aquaria wordt bovendien permanent gefilterd. Elk aquarium kan daarvoor rekenen op 1 biofilter en 2 zandfilters. Per uur wordt 10.000 liter water door die filters gestuwd!